Kompetisi Sains Madrasah (KSM) adalah sebuah ajang berkompetisi dalam bidang sains yang diselenggarakan oleh Kementerian Agama Republik Indonesia. Kompetisi Sains Madrasah diselenggarakan mulai dari tahun 2012 hingga tahun 2017 dilakukan secara konvensional dan pelaksanaan Kompetisi Sains Madrasah berbasis teknologi dimulai sejak tahun 2018 sampai dengan sekarang.
Dalam ajang KSM Tingkat Kabupaten Mandiling Natal pada 14 Agustus 2022 yang lalu, siswa MTsN 2 Mandailing Natal memperoleh prestasi yang membanggakan, yaitu:
- Zahra Nabila meraih Juara 1 dalam mata lomba IPS Terpadu Terintegrasi
- Selviana Putri meraih Juara 2 dalam mata lomba Matematika Terpadu
Kedua siswa MTsN 2 Mandailing Natal tersebut selanjutnya akan mengikuti KSM Tingkat Provinsi Sumatera Utara pada 11 September 2022 di Medan.

